九州バプテスト神学校は、九州の四地方連合の諸教会有志による「働きながら学び、働きながら伝道する伝道者養成の夜間講座」への期待や願いがきっかけとなって1988年に開設された。これはまた、かつて西南学院大学神学部によつて開設されたが中断されるに至った「通信制神学講座」と「西南聖書学院」を精神的に継承するものであった。このように九州バプテスト神学校は、諸教会の現場の願いと期待から生れたものであり、既成の概念にとらわれない自由ないわば自然発生的な成立であった。
九州バプテスト神学校に対して、九州４地方連合をはじめ、日本バプテスト連盟加盟諸教会・伝道所の理解もますます広がり、物心両面の支援も増え、連盟の連合立神学校等支援資金からの助成も得られるようになった。その結果、神学校が送り出した卒業生で牧師、伝道師など教役者として献身する者が、連盟全体の教役者数の１０分の１に達するようになり、神学校は一歩々々着実にその地歩を築いてきたと言える。これはひとえに主の恵みと、諸教会・伝道所および主にある多くの兄姉のご加祷・ご支援の賜物と信じ感謝のほかない。
私たちは、「主にあって、教会と共に、教会に仕える神学校」をさらに目指すように鋭意努力したい。私たちは、神学諸部門、特に実践神学部門をますます重視するように心がけている。混沌と混迷を深めている社会や世界の状況に直面しつつも臆することなく、「福音を恥としない」（ローマ1：16）で、「御言葉を宣べ伝えなさい。折が良くても悪くても励みなさい」（Ⅱテモテ4：2）との御言葉に聴き従いつつ、主イエス・キリストと「キリストのからだ」なる教会に仕える責任性と成人性を備える人材の育成に努めていきたい。時に教会の現場で重い課題や問題にたじろぐような困難に出会っても、御言葉に助けられつつ正面から向き合い、教会を建て上げていく姿勢や感性を養うことを大切にしたい。
いまここで、神学校の使命と目標を明文化することによって、講師も教育目標をより明確に位置づけることができ、受講生も学びの意義をより深く認識し学ぶ意識が強められることを願い、何よりも諸教会・伝道所が神学校の教育目標と意義を知り、主と教会に仕える神学校の姿勢をより一層理解して頂くことを期待している。
神学校の教育の柱は次の通りである。
１．本校は、牧師、伝道師をはじめ、執事、各実務担当主事などの信徒リーダーを養成するこ
とを目的とする。
２．本校は、聖書神学、歴史神学、組織神学（教義学と倫理学）、実践神学など基本的な神学
部門を教え、特に実践神学を重視する。
３．本校は、毎年開催されるスクーリングを重視する。
４．本校は、折々に実践神学を中心にした連続（公開）講座や「教会形成」講座を開催する。
５．本校は、九州４地方バプテスト連合を始め、日本バプテスト連盟、同宣教部、同宣教研究
所、西南学院大学神学部、日本バプテスト壮年会連合との連携に努める。
